library(rgbif)
library(leaflet)
library(mapview)
GBIF (Global Biodiversity Information Facility)は、地球上の生物多様性情報を集積し、提供する枠組みです。Rでは、rgbifパッケージを使用してGBIFからデータを取得できます。
準備
rgbifパッケージの解説は以下にあります。
Interface to the Global Biodiversity Information Facility API • rgbif
パッケージ
使用するパッケージを読み込みます。rgbifのほか、地図表示のためleafletも読み込みます。
GBIFの認証情報の設定
occ_download
関数でGBIFからデータを取得するには、GBIFのアカウントが必要です。.Renviron
に認証情報を書いておくことができます。詳細は以下のページにあります。
情報の取得
ここではコウノトリ (Ciconia boyciana) の出現情報を取得することにします。name_backbone("Ciconia boyciana")
で、GBIF Backbone Taxonomyの情報を取得します。
<- name_backbone("Ciconia boyciana")
species_data print(species_data)
## # A tibble: 1 × 23
## usageKey scientificName canonicalName rank status confidence matchType
## * <int> <chr> <chr> <chr> <chr> <int> <chr>
## 1 2481916 Ciconia boyciana Swi… Ciconia boyc… SPEC… ACCEP… 99 EXACT
## # ℹ 16 more variables: kingdom <chr>, phylum <chr>, order <chr>, family <chr>,
## # genus <chr>, species <chr>, kingdomKey <int>, phylumKey <int>,
## # classKey <int>, orderKey <int>, familyKey <int>, genusKey <int>,
## # speciesKey <int>, synonym <lgl>, class <chr>, verbatim_name <chr>
コウノトリのデータのうち、日本で記録されたもので、位置情報のあるものを取得します。"taxonKey"
には、name_backbone
で取得したデータのusageKey
を指定します。
occ_download_meta
でメタデータを表示します。DOIの引用は必須とのことです。
<- species_data$usageKey
taxon_key <- occ_download(pred("taxonKey", taxon_key),
occ_info pred("country", "JP"),
pred("hasCoordinate", TRUE))
<- occ_download_meta(occ_info))
(meta ## <<gbif download metadata>>
## Status: RUNNING
## DOI: 10.15468/dl.updp5c
## Format: DWCA
## Download key: 0051544-240506114902167
## Created: 2024-05-31T08:06:30.694+00:00
## Modified: 2024-05-31T08:06:31.121+00:00
## Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0051544-240506114902167.zip
## Total records: <NA>
引用情報です。
gbif_citation(meta$key)$download
## [1] "GBIF Occurrence Download https://doi.org/10.15468/dl.updp5c Accessed from R via rgbif (https://github.com/ropensci/rgbif) on 2024-05-31"
ダウンロード
では、データをダウンロードします。
occ_download_wait(occ_info)
## status: succeeded
## download is done, status: succeeded
## <<gbif download metadata>>
## Status: SUCCEEDED
## DOI: 10.15468/dl.updp5c
## Format: DWCA
## Download key: 0051544-240506114902167
## Created: 2024-05-31T08:06:30.694+00:00
## Modified: 2024-05-31T08:07:24.519+00:00
## Download link: https://api.gbif.org/v1/occurrence/download/request/0051544-240506114902167.zip
## Total records: 624
<- occ_download_get(occ_info)
x ## Download file size: 0.11 MB
## file exists & overwrite=FALSE, not overwriting...
<- occ_download_import(x) df
地図上で表示
コウノトリの出現位置をleafletで地図化します。
<- leaflet() %>%
map addTiles() %>%
setView(lng = 135, lat = 35, zoom = 5) %>%
addCircleMarkers(lng = df$decimalLongitude,
lat = df$decimalLatitude,
radius = 5)
mapshot(map, file = "Ciconia_boyciana.png")
個別データの表示
北海道でも出現記録があるので、出現日と場所を表示します。
|>
df ::filter(stateProvince == "Hokkaido") |>
dplyr::select(eventDate, locality)
dplyr## # A tibble: 2 × 2
## eventDate locality
## <chr> <chr>
## 1 2015-08-24 八幡町, 石狩市 JP-北海道 (43.2556,141.4007)
## 2 2016-10-23 Maizuru-reservoir
最後に、自分で観察してiNaturalistに報告したデータを表示してみます。
|>
df ::filter(stateProvince == "Ishikawa", year == 2023) |>
dplyr::select(eventDate, verbatimLocality)
dplyr## # A tibble: 20 × 2
## eventDate verbatimLocality
## <chr> <chr>
## 1 2023-12-29 ""
## 2 2023-10-15 ""
## 3 2023-09-23 ""
## 4 2023-03-21 ""
## 5 2023-01-07 ""
## 6 2023-05-15 ""
## 7 2023-10-22 ""
## 8 2023-11-11 ""
## 9 2023-10-07 ""
## 10 2023-09-22 ""
## 11 2023-08-21 ""
## 12 2023-03-05 ""
## 13 2023-02-26 ""
## 14 2023-01-01 ""
## 15 2023-01-08 ""
## 16 2023-04-16 ""
## 17 2023-05-29 ""
## 18 2023-03-21 ""
## 19 2023-10-08 ""
## 20 2023-08-23T06:05:43 "Ishikawa, JP"
|>
df ::filter(stateProvince == "Ishikawa", year == 2023) |>
dplyr::select(references)
dplyr## # A tibble: 20 × 1
## references
## <chr>
## 1 ""
## 2 ""
## 3 ""
## 4 ""
## 5 ""
## 6 ""
## 7 ""
## 8 ""
## 9 ""
## 10 ""
## 11 ""
## 12 ""
## 13 ""
## 14 ""
## 15 ""
## 16 ""
## 17 ""
## 18 ""
## 19 ""
## 20 "https://www.inaturalist.org/observations/179738108"
referencesにあるとおり、iNaturalistに報告した情報は、https://www.inaturalist.org/observations/179738108にあります。