Blog – 伊東生態統計研究室

『ポアソン分布・ポアソン回帰・ポアソン過程』第2章の図をRで再現する

R

『ポアソン分布・ポアソン回帰・ポアソン過程』（島谷健一郎著, 近代科学社, 2017）の第2章「ポアソン分布モデルと最尤法」から、尤度関数の図と、モデルのあてはまり、最尤推定値の一致性・漸近正規性の図をRで再現してみました。

『ポアソン分布・ポアソン回帰・ポアソン過程』第1章の図をRで再現する

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『ポアソン分布・ポアソン回帰・ポアソン過程』（島谷健一郎著, 近代科学社, 2017）の第1章「ポアソン分布の2つの起源」から、ランダムなイベントとポアソン分布との関係をしめす図2つと、ポアソン乱数の生成の図1つをRで再現してみました。

Stanによる、ゼロが観察されないポアソン分布のモデリング

R

Stan

ポアソン分布から発生したデータで、ゼロだけ観測できないという状況を想定します。そのようなデータについて元の平均とゼロを含めた観測数を推定します。

Stanによる外れ値のモデリング

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Stan

『ベイズモデリングの世界』（伊庭幸人編, 岩波書店, 2018）の講義3にある外れ値のモデルをStanで実装してみました。

森下(1957)の間隔法（分角順位法）による密度推定

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森下(1957)の間隔法（分角順位法）による個体群密度の推定をおこなう関数です。方形区を設定して、すべての個体を数える方法に比べると、少ない労力で密度の推定ができるのが特長です。

金沢市への観光来訪者数の状態空間モデルによる解析

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金沢市中心部を歩いていると、多くの観光客を目にします。観光客の数の変化を時系列分析して、どのような傾向があるのかを検討しました。

Stanによる歪正規分布のあてはめ

R

Stan

Stanの確率分布には歪正規分布もありますので、ちょっとためしてみました。

「曲がりくねった共変量関係」をStanを使ってガウス過程でモデル化

R

Stan

『生態学のための階層モデリング』第10章10.4節にある「曲がりくねった共変量関係」をStanを使ってモデル化してみました。本ではBUGSを使って罰則つきスプラインでモデル化していますが、ここではガウス過程でモデル化しました。

尤度比検定

R

Rのlmtestパッケージにあるlrtest関数で尤度比検定をやってみます。

Stanによる標準距離標本抽出法データの解析(2)

R

Stan

まえにも1回やりましたが、『生態学のための階層モデリング』第8章8.3.1にある、標準距離標本抽出法(conventional distance sampling)で採取したデータの解析をふたたびStanでやってみました。本にある実データを使用して、ビン分割データの解析もやってみます。距離データで解析するほうはまえとほぼ同じです。

semパッケージを使用した共分散構造分析

R

Stan

豊田秀樹・前田忠彦・柳井晴夫『原因をさぐる統計学』（講談社ブルーバックス, 1992）の第3章にある、食物とガンとの関係を共分散構造分析（構造方程式モデリング）で解析する例をRのsemパッケージでやってみました。

変量効果のある順序ロジスティック回帰

R

Stan

変量効果(random effect)のある順序ロジスティック回帰(ordered logistic regression)です。Rでは以前はdrmパッケージがあったのですが、現在はCRANから消えてしまっています。そのかわりというわけでもないですが、現在はordinalパッケージのclmm関数を使うことができます。

BPA第5章イワツバメのデータをつかって、KFASで状態空間モデルのあてはめ

R

Bayesian Population Analysis using WinBUGS 第5章のイワツバメのデータをつかって、KFASで状態空間モデルのあてはめをおこないます。KFASでは、観測値が正規分布以外の分布も扱うことができます。

Rにおける順序尺度の説明変数の扱い

R

Rでは順序尺度の説明変数がどのように扱われるか、についてのメモです。

Rで幾何平均を求める

R

Rで幾何平均を求めるには、exp(mean(log(x)))とするか、psychパッケージのgeometric.mean()関数をつかいます。

tmapパッケージによる地図化

R

tmapは地理空間データを地図化するパッケージで、ggplot2のように”+“演算子でレイヤーを重ねていけるのが特長です。

duckplyrをつかってみた

R

DuckDB

Tokyo.R 113 でのeitsupiさんの発表「duckplyr覚醒！」で紹介されていたduckplyrをためしてみました。

furrrパッケージでNIMBLEを並列化する

R

NIMBLE

NIMBLE のMCMC計算に時間がかかるとき、連鎖ごとに並列実行したいと思うことがありました。これについて NIMBLE User Manual には Running MCMC chains in parallel という節がありまして、以下のように書いてあります。

rimパッケージでRからMaximaを使う

R

Maxima

RからMaximaを使えるようにするrimというパッケージがあるということでためしてみました。

Emacsのessgdでバッファ内にRのグラフを描画する

R

Emacs

Emacsのバッファ内にRのグラフを描画できるessgdというパッケージがあるということで、ためしてみました。

『Rによる数値生態学』第2章のグラフをggplot2で描いてみた

R

『Rによる数値生態学』（原著“Numerical Ecology with R, 2nd Edition”）のグラフは基本的にbase graphicsで描かれています。このうち第2章「探索的データ解析」のものを、勉強のためggplot2（とpatchwork）で描いてみようと思いました。

Stanの隠れマルコフモデルでrow_stochastic_matrixをつかう

R

Stan

CmdStan 2.36がリリースされました。このバージョンでは、row_stochastic_matrixという制限付きの型がくわわりました。これは各行が確率単体(simplex)となっている行列です。（同時に、column_stochastic_matrixとsum_to_zero_vectorもくわわりました。それぞれ、列が確率単体の行列、…

tidyplotsをためす

R

r-wakalangで紹介されていたtidyplotsをためしてみました。

unmarkedでTMBを使う

R

TMB

N-mixtureモデルや占有モデルなど、生物の個体数推定の階層モデルをあつかうunmarkedパッケージで、エンジンにTMBが使えるようになっていましたので、試してみました。

tmbstanによるMCMCサンプリング

R

TMB

C++

Stan

TMBでは、負の対数尤度を最小化することで最尤推定値を得ますが、TMBのオブジェクトを利用してMCMCのサンプリングをおこなうtmbstanというパッケージがあったので、ためしてみました。